Bactériologie

I-                     PRESENTATION DU SERVICE

Le service de Bactériologie, de Parasitologie et de Mycologie propose un panel d’analyses couvrant l’ensemble des examens cyto-bactériologiques de divers prélèvements (uro-génitaux, selles, sang, liquides de ponction, sphère ORL, suppurations de toute nature, prélèvements profonds et dispositifs médicaux…),les hémocultures les analyses coprologiques (KAOP, cryptosporidies isospora, cyclospora et microsporidies) ainsi que des analyses mycologiques (squames, recherche de cryptocoques dans LCR...).

L’équipe est composée d’un chef de service, une assistante, 9 techniciens de laboratoire (bactériologie, mycologie et parasitologie), 2 préparatrices (préparation des milieux de culture) et 2 agents d’entretien (service de la laverie). L’ensemble du personnel bénéficie de formation continue (cours internationaux, régionaux, ou nationaux, formation en ligne telle Médicim@ge et Kaptitude, et des formations in situ).

Les analyses sont exécutées selon les méthodes standards (REMIC, EUCAST CASFM). L’acquisition de nouveaux équipements a permis d’améliorer les performances (BactAlert pour les hémocultures, Vitek II pour les identifications bactériennes et antibiogrammes, Masterclav, automate pour la préparation des milieux de culture). La détection de Chlamydia trachomatis par PCR (technique de référence) a été mise en place (automate Abbott m2000).

Le laboratoire est en préparation de l’accréditation (norme ISO 15189), tout le personnel est impliqué dans la mise en place du système qualité avec l’appui du programme SLMTA et le service d’Assurance Qualité.

Le laboratoire participe aux contrôles de qualité externe (ANSM : identifications bactériennes et antibiogrammes, NICD/OMS : identifications et antibiogrammes des bactéries à potentiel épidémique et des bactéries usuelles, EQAS/GFN : sérotypage Salmonella, identification des bactéries entériques et antibiogrammes), biologie prospective. Le laboratoire obtient régulièrement d’excellents résultats (taux de participation 100% avec des scores > 90%).

 

II. ACTIVITES SANTE PUBLIQUE

Au niveau national, le laboratoire est référent pour la confirmation biologique des maladies à potentiel épidémique (MAPE, notamment pour le choléra et la méningite à méningocoque). Un rapport d’activités annuel est transmis aux autorités concernées et les données sont transmises chaque semaine à la Direction de la Lutte contre la Maladie du Ministère de la Santé Publique (MINSANTE).

Les tâches qui lui incombent sont : la confirmation biologique des cas suspects, le suivi de la résistance aux antibiotiques, la caractérisation des souches, et la transmission (hebdomadaire le plus souvent) des données au MINSANTE/DLMEP, et à l’OMS.

 

Ainsi, le laboratoire participe à plusieurs programmes de surveillance.

 

-          Surveillance des méningites pédiatriques : réseau Hib/OMS AFRO

Dans le cadre de ce programme, le laboratoire assure la confirmation des cas suspects de méningites reçus au Centre Mère et Enfant (CME/FCB) ayant été dépistés au laboratoire du CME ; les données sont partagées mensuellement puis envoyées à OMS/AFRO. Ce programme de surveillance mis en place depuis décembre 2002 a permis de justifier l’introduction du vaccin contre Haemophilus influenzae type b (Hib) dans le programme élargi de vaccination (PEV)qui s’est faite en janvier 2009, puis celle du vaccin antipneumococique en juillet 2011. L’objectif du programme est d’évaluer l’impact des vaccins sur la survenue des méningites chez les enfants de moins de 5 ans.

 

-                   Surveillance des méningites pédiatriques (MENOCAM)est en cours de mise en place. L’année 2014 a été consacrée à la préparation, notamment avec les différents ateliers de sensibilisation et de formation destinés aux personnels de santé impliqués. Ce programme vise les mêmes objectifs que le réseau Hib, à la seule différence qu’il est étendu à plusieurs régions (Ouest-Sud-Ouest-Littoral-Nord), il est coordonné par le médecin infectiologue du Centre Mère-Enfant et soutenu par un financement suisse avec l’appui des hôpitaux de Genève. Le laboratoire de Bactériologie du CPC assure la confirmation biologique des cas dépistés à Yaoundé.

 

-          Surveillance cas par cas des méningites

La partie septentrionale du Cameroun située dans la ceinture de la méningite reste l’une des principales zones à risque pour les épidémies de méningite, la surveillance biologique y est assurée par CPC-Garoua.

L’introduction du vaccin MenAfriVac a commencé en décembre 2011, pour 2 régions du Septentrion (Nord et Extrême Nord) et en décembre 2012 pour la région de l’Adamaoua (3ièmerégion du Septentrion) et la région du Nord-Ouest. Suite à ces campagnes de vaccination, la surveillance cas par cas a été progressivement mise en place. Le laboratoire (CPC Yaoundé et annexe de Garoua), reçoivent les échantillons de LCR pour la confirmation biologique venant du Septentrion (Garoua), de la région du Nord-Ouest (Yaoundé). Un rapport de surveillance est envoyé chaque semaine aux autorités sanitaires.

 

-          Surveillance des maladies diarrhéiques

S’agissant de la surveillance du choléra, le laboratoire de Garoua reçoit les échantillons provenant des régions septentrionales et le laboratoire de Yaoundé ceux des autres régions. Chaque semaine, un rapport de surveillance est transmis au ministère de la santé (Direction de la Lutte contre la Maladie) et à tous les partenaires.

 

-           Surveillance de l’antibiorésistance 

Le laboratoire dispose de données de routine importantes. L’émergence des bactéries multirésistantes est devenue un phénomène inquiétant. Cette thématique constitue l’axe central des activités de surveillance et de recherche du laboratoire de Bactériologie.

Toutes les bactéries nécessitent une surveillance, cependant un accent particulier est mis sur les bactéries entériques et les bactéries responsables de méningites ainsi que les gonocoques.

 

A la demande de l’OMS, bureau Cameroun, et sous l’Egide du Ministère de la Santé Publique, un atelier de révision et de validation du guide de la surveillance de la résistance aux antibiotiques a été organisé, il s’est tenu en novembre 2014. Ce travail devrait pouvoir aider le ministère de la santé pour la mise en place d’un programme de surveillance basée sur le laboratoire

 

-           Activités de référence

En tant que laboratoire de référence sous-régional pour l’Afrique Centrale, dans le cadre du programme GASP (gonococcal antimicrobial surveillance programme), le laboratoire de Bactériologie a organisé 2 ateliers de formation en août 2012 et en septembre 2013 pour les microbiologistes camerounais, la mise en place d’un réseau de collecte pour les échantillons et pour les souches a commencé en novembre 2012 à Yaoundé, 10 centres de santé sont impliqués dans cette surveillance.  Cette surveillance est nécessaire pour la révision des schémas thérapeutiques.

-       La bio banque

Le service est impliqué dans un vaste programme de mise en place de la bio banque au sein du centre Pasteur du Cameroun. De ce fait, il dispose d’une panoplie de souches bactériennes jugées intéressantes conservées à 80°C et à températures ambiantes. Il s’agit des souches de pneumocoques, méningocoque, Haemophilus, Gonocoques, campylobacter, salmonelles, shigelles et autres bactéries multirésistances considérés par l’OMS comme des agents pathogènes prioritaires pour la recherche développement de nouveaux antibiotiques (http://www.who.int/fr/news-room/detail/27-02-2017-who-publishes-list-of-bacteria-for-which-new-antibiotics-are-urgently-needed).

 

III ACTIVITES DE RECHERCHE 

Le laboratoire a mené plusieurs projets de recherche dont la thématique principale est la résistance aux antibiotiques et la caractérisation des souches bactériennes.