La grippe et les infections respiratoires

Projet « Grippe IMMI/H1N1 » (Dr Njouom)

Objectif: il s’agit d’identifier les facteurs épidémiologiques, cliniques, bactériologiques, virologiques et immunologiques de gravité des infections par les virus grippaux au Cameroun. État d’avancement: Du 9 septembre 2011 au 31 Décembre 2014, les échantillons des cas suspects comprenant des cas suspects d’infections respiratoires aiguës ambulatoires (ILI) et des cas de d’infections respiratoires aiguës sévères et hospitalisés (SARI) ont été collectés au niveau du CHE et analysés au CPC pour la recherche des virus grippaux. Au 31 décembre 2014, nous avons recruté 65 cas (SARI) dont 33 hommes (50.8%) et 120 témoins (ILI) dont 64 hommes (53.3%). L’âge médian est de 2 ans (IQR : 1-­‐5ans). Les signes cliniques prédominants étaient la toux (92.9%), la rhinorrhée (88.8%), la fièvre (71.4%) et l’asthénie (70.2%).

Etiologie virale des infections respiratoires aiguës au Cameroun ( Dr Njouom)
Objectif: Le but de cette étude sera de déterminer l'étiologie des virus respiratoires et leur répartition saisonnière chez des patients présentant des infections aiguës des voies respiratoires au CHE de Yaoundé au Cameroun sur une période de trois ans. Sur tous les échantillons recueillis, la recherche des virus grippaux est effectuée par technique RT-­‐PCR temps réel (technique CDC) permettant de détecter les virus grippaux A/H1, A/H3 et B. Tous les échantillons sont aussi soumis à 4 techniques de RT-­‐PCR duplex en temps réel R-­‐gene® pour la recherche d’autres virus respiratoires à savoir : VRS A et B, hMPV, AdV, hBoV, hPIV, hCoV, RV et EV.
Etat d’avancement : Les activités suivantes ont déjà été réalisées : Constitution d’une biothèque des écouvillons naso-­‐pharyngés ; Extraction des ARN et ADN à partir de ces échantillons ; Réalisation des RT-­‐PCR multiplex sur plus de 50% des échantillons recueillis entre 2011-­‐2013 Prévisions globales : Continuer la recherche des virus jusqu’à la fin du projet.

 

Caractérisation moléculaire des autres virus respiratoires à l’exception de la grippe ( Dr Njouom)


Objectif: Cette étude vise à évaluer la diversité génétique des souches de virus respiratoires hormis le virus influenza, ayant circulé au Cameroun entre 2011 et 2014.
Etat d’avancement : La population cible de cette étude est constituée des patients hospitalisés et ambulatoires du CHE de Yaoundé. Durant la période d’étude, tous les patients correspondant à la définition clinique de cas d’infection respiratoire aiguë (Fièvre précoce : 38°C + toux et/ou mal de gorge) sont invités à répondre à un questionnaire et à fournir un échantillon biologique recueilli par écouvillonnage du nez et/ou de la gorge. Tous les échantillons recueillis sont soumis à 4 techniques de RT-­‐PCR multiplex en temps réel r-­‐gene pour la recherche des virus respiratoires à savoir : VRS A et B, hMPV, AdV, hBoV, hPIV, hCoV, RV et EV. Par la suite les virus détectés sont amplifiés par les techniques conventionnelles de RT-­‐PCR et séquencés pour leur caractérisation moléculaire. Les activités suivantes ont déjà été réalisées : Constitution d’une biothèque des écouvillons naso-­‐pharyngés ; Extraction des ARN et ADN à partir de ces échantillons ; Réalisation des RT-­‐PCR multiplex sur presque 50% (847/1510) des échantillons recueillis entre 2011-­‐2014.

Etiologie bactérienne des infections respiratoires aiguës au Cameroun (Dr Marie Vernet)
Objectif: Etudier l’étiologie bactérienne des infections respiratoires aigües au Cameroun.
Principales activités menées: Les recrutements utilisés pour cette étude sont ceux réalisés pour le projet IMMI et qui ne sont pas inclus dans ce projet. Commande de kit FastTrack Diagnostics permettant de détecter en 2 multiplex:CAP1 (community acquired pneumonia
1 pour Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae & Moraxella catarrhalis et CAP2 (community acquired pneumonia pour Legionella species, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae and internal control.
Les premiers résultats ont pu être obtenus après la mise en place de la technique au laboratoire. Nous avons testés 123 ILI et 56 SARI. Pour chaque échantillon, nous avons retrouvé en biologie moléculaire les mêmes bactéries identifiées en culture (sauf pour un échantillon qui est cours d’investigation).